Instalar R en Ubuntu 11.10 + R Commander

por | 7 noviembre, 2011

R es un completo programa de estadística cuya naturaleza de software libre le ha permitido convertirse en uno de los mejores del campo. Es una brillante alternativa a SPSS, STATA u otros de pago, además de que se enriquece a diario gracias al trabajo de muchas universidades del mundo. Es compatible con aplicaciones como Calc de Libre Office, Bloc de Notas, y Microsoft Excel. Funciona con Windows, Mac y Linux.

r graphics

De nuevo vale resaltar la creación en comunidad que le permite disponer una completa documentación en su sitio oficial -donde también se encuentran centenares de paquetes para todo tipo de labores-, de la cuál me he permitido traducir este tutorial para instalar R en Ubuntu 11.10 Oneiric Ocelot. Gracias también al blog de Jorge Casanovas que me ha permitido complementar esta ayuda:

1. Abrimos una terminal y escribimos:

sudo gedit /etc/apt/sources.list

2. Vamos al final del archivo y pegamos el siguiente repositorio. La parte en negrilla puede ser reemplazada por cualquiera de las CRAN Mirrors. Éstas definen el servidor del que se van a bajar los paquetes (hay de países y universidades de todo el mundo), aunque por velocidad he seleccionado a la Universidad de Berkeley en California.

deb http://cran.cnr.berkeley.edu/bin/linux/ubuntu oneiric/

3. Damos clic en “Guardar” y cerramos el archivo. Volvemos a la terminal para teclear lo siguiente:

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

4. Lo cuál dará acceso al repositorio agregado. Restará actualizar e instalar R:

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

5. Hay un par de paquetes importantes adicionales que se instalan simplemente con:

sudo apt-get install r-cran-rodbc r-cran-rgl

Y ya habrá quedado instalado. Para iniciarlo sólo tendremos que escribir la letra “R” en mayúscula y para salir bastará con q(). El único inconveniente es que funciona sólo en la Terminal, así que para hacer uso de una interfaz gráfica tendremos que valernos de algún paquete, por ejemplo el “R Commander”.

1. Para instalar R Commander en Ubuntu tendremos que entrar a la aplicación con permisos de superusuario:

sudo R

2. Y ahora sí escribir el comando de instalación, el cuál es válido también para el resto de paquetes dispuestos en el enlace ya mencionado.

install.packages("Rcmdr")

3. La próxima vez que iniciemos R cargaremos R Commander de esta forma:

library(Rcmdr)

Nota: Tal vez requiera de otros paquetes para funcionar, para lo cuál nos mostrará una ventana para cargarlos ya sea localmente (especificando la ruta de ubicación en el equipo) o desde la CRAN (aparecerá la lista de países de los servidores para seleccionar el preferido):

cargar paquetes

Finalmente, el R Commander en acción:

R Commander Ubuntu

11 pensamientos en “Instalar R en Ubuntu 11.10 + R Commander

  1. El apa

    Muchas gracias, me ha costado encontrar un sitio que explique tan bien como instalar R-cmdr en Ubuntu11.

    Saludos

    Responder
  2. murpholinox

    Gracias! la primera vez que me toca leer las instrucciones en español!!!
    Me hubiera gustado que explicaras para que es r-cran-rodbc y r-cran-rgl, como no estaba para que eran tuve que buscarlos en synaptic package manager (me tomó un par de minutos extra).
    De todas formas, gracias.

    Responder
  3. Carlos Cerdán

    Muchas gracias, me sirvió también para instalar en Ubuntu 12.04, pero con algunas pequeñas modificaciones que comento según la misma numeración de los pasos brindados:

    2. El repositorio cambiarlo por:
    deb http://cran.cnr.berkeley.edu/bin/linux/ubuntu precise/

    4. Se puede instalar el interfaz gráfico directamente con el paquete, para ello también instalar r-cran-rcmdr, entonces la orden sería:
    sudo apt-get install r-base r-cran-rcmdr

    Luego de esto tendremos el acceso directo a R en el menú Aplicaciones –> Ciencia –> R Commander (escritorio gnome clásico) o si usas Unity supongo que desde su lanzador “R Commander”

    Ahora bien, en el primer inicio gráfico de R saldrá un anuncio indicando “Faltan los siguientes paquetes que necesita Rcmdr: sem, leaps, e1071, aplpack …” pero como usuario normal no podrás instalarlos al sistema, entonces el primer inicio en forma gráfica debes invocarlo con permisos de superusuario, por tanto desde una terminal escribe (mejor copia y pega):

    sudo sh -c ‘R_DEFAULT_PACKAGES=”$R_DEFAULT_PACKAGES Rcmdr” R “$@”‘

    nuevamente te dirá que faltan los paquetes antes mencionados, esta vez continúa el proceso, acepta instalar desde CRAN y escoge el espejo (mirror) que te parezca más confiable (USA CA1 está bien para mi). Seleccionado el espejo podrás ver en la terminal abierta el proceso de descarga e instalación de los paquetes requeridos.
    Finalizada la instalación cierra el programa y luego vuelve a ingresar normalmente con el acceso directo antes mencionado.

    Con todo esto, para iniciar en modo gráfico, ya no tendrás que hacer tres pasos (abrir una terminal, abrir R, invocar su interfaz gráfico) sino uno solo: abrir con el acceso directo.

    Saludos desde Cajamarca-Perú

    Carlos Cerdán

    Responder
    1. Carlos Cerdán

      Hola Ricardo:

      Volví a pasar por este blog buscando mis instrucciones para instalar R en otra PC (la memoria es frágil).

      El error que tienes parece ser de instalación: R no encuentra los paquetes por defecto. Prueba esto:

      0. Verifica que se agregó bien los repositorios (que no te sobra o falta alguna letra o caracter en la ruta)

      1. Actualiza los repositorios:
      sudo apt-get update

      2. Agrega la llave pública (no me preguntes qué es eso, no lo sé) :
      sudo apt-key adv –keyserver keyserver.ubuntu.com –recv-keys E084DAB9

      3. Instala nuevamente R y la interfaz gráfica:
      sudo apt-get install r-base r-cran-rcmdr

      Atento a los mensajes que aparezcan en la terminal, allí tendrá que aparecer si falta alguna dependencia o hay problemas de paquetes.

      Responder
  4. Xavier

    Saludos Carlos, he seguido paso a paso tus indicaciones pero tengo un problema, al intentar invocar la interfaz gráfica de Rcmdr aparece la ventana que dices en la que faltan los paquetes. Sin embargo, al decirle que los instale lo único que se despliega es una ventana gris, de título “1” y nada más, lo que obtengo en la terminal es lo siguiente:

    > library(Rcmdr)
    Loading required package: car
    Loading required package: MASS
    Loading required package: nnet
    Loading Tcl/Tk interface … done
    Error : .onLoad failed in loadNamespace() for ‘Rcmdr’, details:
    call: structure(.External(“dotTclObjv”, objv, PACKAGE = “tcltk”), class = “tclObj”)
    error: [tcl] bitmap “/usr/local/lib/R/site-library/Rcmdr/etc/R-logo.ico” not defined.

    Error: package/namespace load failed for ‘Rcmdr’
    > Rcmdr”: 1: Rcmdr”: ‘R_DEFAULT_PACKAGES=”: not found
    Error: inesperado entrada en “Rcmdr�”

    Pero luego al dar la otra orden con permisos de superusuario (con ‘sudo su’) lo que obtengo es lo siguiente:

    # sudo sh -c ‘R_DEFAULT_PACKAGES=”$R_DEFAULT_PACKAGES Rcmdr” R “$@”‘
    Rcmdr”: 1: Rcmdr”: ‘R_DEFAULT_PACKAGES=”: not found

    Espero puedas ayudarme, te estaré muy agradecido.

    Responder
    1. Carlos Cerdán

      OOOOpppps la respuesta para Xavier la brindé a Javier. Persona equivocada… y respuesta equivocada.

      Tuve el mismo problema y acabo de darme cuenta que algo en el copiado de la orden no está bien. Creo que es por el formato que le agrega automáticamente la web. La orden es:

      sudo sh -c ‘R_DEFAULT_PACKAGES=”$R_DEFAULT_PACKAGES Rcmdr” R “$@”‘

      Al final de la línea ( “$@”‘ ) corresponde a $ y @ entre comillas dobles, seguido de una comilla simple.

      Yo utilizo el escritorio clásico de gnome y saqué la orden del acceso directo de r-commander, mira sus propiedades y copia la orden con la que abre el entorno gráfico. Lo encuentras en la opción de “editar menús” (click derecho en el equivalente a botón de inicio de windows )

      Suerte

      Responder
  5. Carlos Cerdán

    Regresé por aquí en busca de orientación. No me funcionaba el paso 3

    gpg –keyserver keyserver.ubuntu.com –recv-key E084DAB9
    gpg -a –export E084DAB9 | sudo apt-key add –

    es decir no podía agregar la llave pública. La razón: estoy detrás de un proxy y los encargados de la red han cerrado todos los puertos. La solución fue utilizar un modem de internet en este paso y luego de que la llave se importó correctamente continuar con la conexión regular de internet

    Responder

Deja un comentario

Tu dirección de correo electrónico no será publicada. Los campos obligatorios están marcados con *

Este sitio usa Akismet para reducir el spam. Aprende cómo se procesan los datos de tus comentarios.